@Ktatu: credo che l'incognita sia capire quanto varia l'aspirazione d'aria con la cassa filtro rispetto alla configurazione con cui l'avevi mappata. Se la differenza è poca ci può stare che giri bene ugualmente, diversamente rischi di girare magro. Poi è vero che anche stock gira magra soprattutto ai bassi ed ai medi, quindi il motore dovrebbe sopportare abbastanza.
Guardando molti video di preparatori che bancano le moto, ad ogni modifica (aspirazione o scarico) la mappatura andrebbe ritoccata.
Magari la rivedrai alla prossima modifica!

@Bicico: forse qui siamo un po' off topic, comunque a me non sembra un motore scorbutico ai bassissimi regimi. Anch'io ho un SMT stock con Remus e non ho problemi. Vero che sotto i 2500 giri non è perfetto ma secondo me molti bicilindrici sono molto peggio di questo.
Su questa moto non l'ho ancora montata, comunque per tua informazione sulla Duke 890 euro 5 avevo migliorato la pulizia ai bassi montando la Smart IAT della Coober. Potresti valutarla se la usi spesso in città, peccato che costi parecchio:
https://www.coober.eu/product/ktm-890-smt-lm-eur5b/